這一年實驗室變化很大(因為之前很久沒有變化了)，老師的第一位直系博士後高升到中研院，又畢業了兩位博士生，所以很多事情都不一樣了，最近來的博士後一位是大陸人一位是韓國人，基本上差一位日本人就可以完成日本帝國的大東亞共榮圈了(哈哈哈，這是開玩笑的題外話啦)，最近韓國的金小姐跟我說他需要使用這套軟體GMT，但是我對這套軟體還真的是一問三不知，所以我大概找了一個下午查詢如何安裝。
先來介紹何謂GMT(Generic mapping tools)，它是一個開放性軟體，基本為卡氏座標，可以提供地型特徵，可以畫x-y 圖形到3D圖形以PostScript圖型輸出，共有81個指令可以提供使用。要如何使用我就不清楚了，在這邊做的簡單的安裝記錄，因為本實驗室的cluster(叢集電腦)為suse server 10.1版本核心版本為4.1.2算是6~7年前的產品了，所以對照OS查詢的結果應該是沒有辦法安裝這套軟體，所以我後來用去年購買的伺服器(OS: centos 6)來安裝這套軟體。
首先要先介紹一下安裝時需要的套件，一般我們安裝好linux的時候，基本上它會給你他官方的yum server，但是還有另外一個EPEL(Extra Package for Enterprise Linux)維護的套件軟體庫，要在自己的/etc/yum.repos.d下面把這資料庫加進去，或者是直接用rpm到網路安裝EPEL套件
#>rpm -Uvh http://mirror01.idc.hinet.net/EPEL/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
他會下載epel套件，所以會自動把EPEL資料庫自動加進去，但是我後來執行
#>yum install netcdf-devel
等了好久，最後連線失敗，所以後來我把epel.repo裡面的位置通通改成baseurl=http://mirror01.idc.hinet.net/EPEL/6/x86_64/
也就是把mirrorlist=https://mirrors.fedoraproject.org/metalink?repo=epel-debug-6&arch=$basearch替換成 baseurl=http://mirror01.idc.hinet.net/EPEL/6/x86_64/
接下來就可以安裝套件了，我一開始是直接更改yum資料庫位置，但是更改完之後安裝套件會出現header的錯誤訊息，所以我就去安裝epel套件，並更改資料庫源。
更新好資料庫接下來就可以安裝套件了
#>yum install gcc-c++ libXt-devel libXaw-devel libXmu-devel libSM-devel -->這是官方來源的函式庫
#>yum install ghostscript cmake netcdf netcdf-devel gdal gdal-devel -->epel的函式庫
通常把epel的套件安裝上去應該就沒有問題了，不過這時候我還是有出現一些warning，接下來就是去安裝GMT的source data
進入這個網站http://gmtrac.soest.hawaii.edu/projects/gmt/wiki/Download，把gmt-5.1.1-doc.tar.gz、dcw-gmt-1.1.1.tar.gz、gshhg-gmt-2.3.4.tar.gz這三個檔案抓下來
#>tar zxvf gmt-5.1.1-doc.tar.gz dcw-gmt-1.1.1.tar.gz gshhg-gmt-2.3.4.tar.gz
#>cd gmt-5.1.1
#>cp cmake/ConfigUserTemplate.cmake cmake/ConfigUser.cmake
#>vi cmake/ConfigUser.cmake (把#拿掉，並做下列更改)
set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/opt/GMT/gmt5.1.1")
set (GMT_INSTALL_MODULE_LINKS FALSE)
set (GSHHG_ROOT "/opt/gshhg") --->解壓縮完gssh之後的路徑位置
set (COPY_GSHHG TRUE)
set (DCW_ROOT "/opt/dcw") --->解壓縮完dcw之後的路徑位置
set (COPY_DCW TRUE)
set (NETCDF_ROOT /usr) ------------------->這不用設定，但我們如果有跑WRF、CESM等等模式的話這就很重要了，這是因為手動安裝netcdf的時候常會下這指令./configure --disable-netcdf-4
set (NETCDF_STATIC TRUE) ------------------->，這指令會跳過hdf library這樣一來會導致GMT不能安裝，因為它需要netcdf中的hdf動態資料庫
紅色字體是一定要設定的，而墨綠色的字體如果這台機器從來不曾安裝過netcdf軟體就不用改了，但是如果曾經使用過或跑過其他模式有用到netcdf格式，請更改。
我一開始的時候並沒有去更改資料庫位置，所以會出現以下的錯誤訊息。
#>mkdir build
#>cd build
#>cmake ..
-- Looking for nc_def_var_deflate
-- Looking for nc_def_var_deflate - not found
CMake Error at cmake/modules/FindNETCDF.cmake:127 (message):
Library found but netCDF-4/HDF5 format unsupported. Do not configure
netCDF-4 with --disable-netcdf-4.
Call Stack (most recent call first):
src/CMakeLists.txt:39 (find_package)
出現這個問題很有可能是因為netcdf路徑造成，如果你的netcdf是手動安裝，請檢查netcdf安裝檔裡面的config.log有沒有設定'--disable-netcdf-4'在安裝參數裡面，如果有的話請重新安裝，如果沒有的話請更新到4版以上。如果是用yum安裝的話，請檢查yum的來源位置是否來自epel(yum repolist;yum info netcdf-devel; yum repolist netcdf-devel; rpm -qa | grep netcdf ;rpm -qa | grep hdf5)，如果不是的話請移除並重新安裝epel的函式庫(yum erase xxxxxxxx ; yum clean all ; yum install xxxxxxxxx)，我當時卡機的問題就是我自以為把環境路徑改成後來yum安裝的，但是cmake沒有這麼聰明會自行覆蓋log檔(build/CMakeError.log and build/CMakeOutput.log)，所以你第一次產生出上面的錯誤環境檔，環境變數就一直是那個錯誤檔，除非你去刪除(rm build/CMakeError.log build/CMakeOutput.log)，這兩個檔案才會改變。我後來就是確認沒問題之後整個gmt5.1.1整個資料夾刪除，再重新設定環境變數就可以通過了。
#>cmake .. ---->檢查library跟相容性
#>make ----->編譯
#>make install ----->安裝
安裝完之後設定環境變數
#>export GMT5HOME=/opt/GMT/gmt5.1.1
#>export PATH=$GMT5HOME/bin:$PATH
#>export LD_LIBRARY_PATH=$GMT5HOME/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
#>export INCLUDE=$GMT5HOME/include:$include
#>gmt
GMT - The Generic Mapping Tools, Version 5.1.1 (r12968) [64-bit]
(c) 1991-2014 Paul Wessel, Walter H. F. Smith, R. Scharroo, J. Luis, and F. Wobbe
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usage: gmt [options]
gmt <module name> [<module options>]
options:
--help List and description of GMT modules.
--version Print version and exit.
--show-datadir Show data directory and exit.
--show-bindir Show directory of executables and exit.
if <module options> is '=' we call exit (0) if module exist and non-zero otherwise.
出現這東西就表示安裝成功了........
雖然目前我不知道這套軟體可以幹嘛，不過感覺上功能好像很強大，提供給各位前輩先進。
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